西暦2006年、退廃し堕落した人類の住む地球に、宇宙から球形をした謎の巨大物体が落下してきた。地球政府はそれを無視するが、実はそれは「レッドゾーン」という宇宙からの侵略者が打ち込んだ、惑星の所有を誇示する「ペナント」であり、その危険を警告しようとした我亜呂博士やその親友である玖利須教授はレッドゾーンの手の者によって殺される。辛うじて生き延びた戦士たちは、レッドゾーンに何ら手を打とうとしない地球政府に見切りをつけ、宇宙海賊として知られていたキャプテン・ハーラロックの宇宙戦艦アスールロホに乗り込んだ。
さあ2007年、青赤戦士たちの戦いが始まる。
ハーラロックから新キャプテンに指名されるのは誰か?
(けっこう青赤っぽいね、ハーロック)
イケメンのこいつか?
それとも無尽蔵のスタミナを誇るこいつなのか?